Ainsi le microbiote nous est essentiel. Sa diversité biologique en bactérie (majoritairement anaérobies) prévient d’une colonisation d’une seule espèce bactérienne et du développement d‘autres micro-organismes potentiellement pathogènes. Il digère à notre place certaines fibres alimentaires dont nous ne possédons pas les enzymes nécessaires à la digestion et participe à la régulation du renouvellement et du changement morphologique de la muqueuse intestinale. Mais au delà de ses rôles physiologiques, le microbiote intestinal peut aussi se montrer acteur de nombreux mécanismes pathologiques.
L’étude du microbiote humain connaît un véritable renouveau grâce aux avancées techniques et à la réduction des coûts de l’approche moléculaire. Entre 2003 et 2013 le séquençage de 10 millions de bases d’ADN est passé de 2500 dollars à 0,06 dollars (Wetterstrand 2013). A partir de ce moment, l’influence de ce microbiote intestinal est montrée dans des maladies diverses et variées : trouble auto-immun, arthrite rhumatoïde, diabète de type 1, allergie, eczéma, entérocolite nécrosante, obésité et jusqu'à la carie dentaire.
La composition et la structure du microbiote intestinal de l’hôte ont donc un impact clinique, ce qui n’échappe pas à la sphère neuro-psychiatrique. Les meilleures connaissances du rôle du microbiote ouvrent de nouvelles voies de réflexion pour comprendre et lutter contre des maladies dont les mécanismes physiopathologique restent encore globalement inconnus.