SARS-CoV-2 - La clinique, la clinique, la clinique et le reste...

COVID-19 : une revue de la #FOAMed (Free Open Access Meducation) par le Dr Peschanski.

(par le Dr Nicolas Peschanski - Praticien Hospitalier Urgentiste CHU de Rennes)

Tant de choses écrites et dites sur le SARS-CoV-2...

Vous pouvez passer des heures à vous perdre sur le web, à écouter/voir les nouvelles et à entendre une chose, puis une autre contredisant la première ! 

Alors, prenez le temps de sereinement vous attarder sur ces quelques données que j'ai pu rassembler. D'autres sont à venir et seront mis à jour régulièrement.

Il existe des lignes directrices, des recommandations, des infographies, des documents et des téléchargements. Aujourd'hui que la pandémie se répand (ne nous voilons pas la face), je vais essayer de rassembler les informations provenant de certains de nos brillants collègues de la #FOAMed.

Soyez sereins, prenez soin de vos patients, de vos proches ET de vous-même.

Une vue d’ensemble

Infographie de Propofology.com - @GAS_CRAIC /Critical Care Northampton - @WilkinsonJonny https://my.visme.co/projects/4d80743j-covid19-sheet#s1
 

Pour les francophones, l’actualité synthétisée sur le site de la Société Française de Médecine de Catastrophe : https://www.sfmc.eu/actualite/covid-19-point-dactualite-8-mars/

Les recommandations

Celles (intermédiaires) de l’OMS :
https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/clinical-management-of-novel-cov.pdf

Pour les mises à jour nationales, il convient de se référer aux sites institutionnels dans chaque pays. Pour nous autres Français, c’est par ici :
https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/infection-a-coronavirus/articles/infection-au-nouveau-coronavirus-sars-cov-2-covid-19-france-et-monde

Pour la conduite à tenir, voici l’excellent post de Salim Rezai de REBEL EM. Tout y est passé en revue en étant aussi utile pour les soignants que pour les docteurs…

https://rebelem.com/covid-19-the-novel-coronavirus-2019/

Sans oublier les Recommandations d’experts portant sur la prise en charge en réanimation des patients en période d’épidémie à SARS-CoV2 de la SFAR.

Un malade du SRAS-CoV-2, ça ressemble à quoi ?

• La période d’incubation est de 2 à 14 jours (avec une médiane de 5 à 6 jours) – Plus court que la grippe saisonnière !
• Les symptômes les plus courants sont :
  - Fièvre (83 - 98%) : sur 1099 pts avec COVID-19 confirmé, 43,8% des patients avaient de la fièvre à l'admission, mais 88,7% ont développé de la fièvre pendant l'hospitalisation.
  - Toux sèche (67,8% - 82%)
  - Dyspnée (≈33%)
  - Asthénie (38,1 %)
  - Plus rarement : myalgies (11 %) (c'est-à-dire semblable à la grippe)

Pour un aperçu destiné aux urgentistes, JACEP Open c’est par là :
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/emp2.12034

Pour les premières descriptions de la (très) importante cohorte Chinoise, le New England :
https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2002032

Et cet excellent article dans le JAMA en provenance de Singapour :
https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2762688

Et aussi le BMJ pour les cas hors-Chine :
https://www.bmj.com/content/368/bmj.m606

Aux urgences, on teste qui (au 8 mars 2020)?

Suivez les protocoles de votre établissement pour identifier les patients à haut risque lors du triage et les transférer rapidement dans un box d'isolement.

Par ailleurs, des précautions d’usage sont à appliquer pour les patients provenant des zones de transmission établies : Chine, Iran, Italie, Japon, Corée du Sud, etc…
La liste progresse (hélas) et vous avez un état des lieux actualisé ici (Johns Hopkins Hospital) : https://gisanddata.maps.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/bda7594740fd40299423467b48e9ecf6
 

Algorithme proposé par REBEL EM : https://rebelem.com/covid-19-the-novel-coronavirus-2019/

Labo/radio, à quoi s’attendre ?

• Lymphopénie (83,2 %)
• Radiographies thoraciques montrant des infiltrats bilatéraux irréguliers
• TP prolongé : infiltrats en verre dépoli au (50-75%) mais jusqu'à 50 % des patients positifs au COVID-19 peuvent présenter un scanner normal jusqu’à 48 après l'apparition des symptômes pseudo-grippaux. Les opacifications et la consolidation du parenchyme pulmonaire en verre dépoli, avec ou sans réhaussement vasculaire, l'épaississement de la cloison interlobulaire et le bronchogramme aérique sont des caractéristiques courantes du scanner COVID-19. L’aspect de condensation hétérogène et les comblements désorganisés deviennent prédominants, avec un pic d’apparition entre les 9ème et 13ème jours, suivi d'une lente évolution radiologique.
• Lactatémie élevée
• Scanner thoracique

Images modifiées à partir de l’article de Radiology 2020 :
https://pubs.rsna.org/doi/10.1148/radiol.2020200370

 La sensibilité diagnostique du scanner thoracique est excellente (Se 88%), en tout cas bien meilleure que celle d’un test PCR viral unique (Se 59%). Cependant, la sensibilité en cas de PCR virale positive monte encore plus à 97%.

Une stratégie efficace qui a été utilisée pendant l'épidémie de COVID-19 en Chine est le recours aux filières spécifiques « hyperthermie ». Une extrapolation de cela pourrait être des tentes à l'extérieur de l'hôpital. Vous trouverez ci-joint l’algorithme qui est utilisé. Il est intéressant de noter que la numération lymphocytaire et le scanner font partie de celui-ci.

Face à ce qui nous attend, que faire (surtout des cas sévères et graves) ?

En effet, les patients symptomatiques sans hypoxémie (ni comorbidités) devront rester chez eux…

Pour les autres, il s’agit de savoir de qui on parle :

• Graves : hypoxémie sévère nécessitant le recours à un support ventilatoire ; état de choc ; défaillance d’organe.
• Sévères : hypoxémie avec SpO2 < 93%
   

Intubation : oui !
 

Avec les précautions d'usage :
 

VNI : oui ou non ?

En théorie, la CPAP ou la VNI à 2 niveaux de pression devraient être évitées et l’OMS insiste sur le recours rapide à une intubation et une ventilation mécanique. Cependant, on peut théoriquement les utiliser si un filtre d'exhalation anti-viral adapté est disponible et dans une chambre d'isolement appropriée. Alors, peut-être chez certains patients sélectionnés ne nécessitant pas de ventilation invasive et/ou lorsque les capacités de nos réanimations et USC seront dépassées ?

Dans ce contexte, la CPAP pourrait être intéressante car elle ne nécessite pas de désinfection (usage unique) mais il persiste des questionnements liés aux débits élevés utilisés et à l’éventuelle utilisation d’aérosols qui sont sources théoriques de diffusion du virus.

Ne pas paniquer et de se laver les mains +++

Pourquoi le savon fonctionne-t-il si bien sur le SARS-CoV-2, et, en fait, sur la plupart des virus ?
Parce qu'il s'agit d'une nanoparticule auto-assemblée dont le maillon le plus faible est la bicouche lipidique (grasse).

Ci-dessous, vous trouverez un petit thread en deux parties tiré de twitter sur le savon, les virus et la chimie supramoléculaire.

• Le savon dissout la membrane graisseuse et le virus s'effondre comme un château de cartes et "meurt", ou plutôt, il faut dire qu'il devient inactif car les virus ne sont pas vraiment vivants mais ils peuvent être actifs à l'extérieur du corps pendant des heures, voire des jours.

• Les désinfectants, ou liquides, lingettes, gels et crèmes contenant de l'alcool (et du savon) ont des effets similaires mais ne sont pas aussi efficaces que le savon normal.
  En dehors de l'alcool et du savon, les "agents antibactériens" contenus dans ces produits n'affectent pas du tout la structure du virus. Par conséquent, de nombreux produits antibactériens ne sont en fait qu'une version onéreuse du savon en ce qui concerne leur action sur les virus.
  
  Le savon est le meilleur, mais les lingettes à base d'alcool et les solutions hydro-alcooliques sont de bonnes alternatives lorsque le savon n'est pas pratique (par exemple, pour les réunions au bureau) ou indisponible.
   
• Pourquoi le savon est-il si efficace ?
  Pour vous expliquer cela, je vais vous emmener faire un petit voyage à travers la chimie supramoléculaire, les nanosciences et la virologie. Essayons d'expliquer cela en termes génériques autant que possible, ce qui signifie qu’on laisse de côté certains termes spécialisés de la chimie. En effet, les virus sont l'un des exemples les plus spectaculaires de la convergence entre la chimie supramoléculaire et les nanosciences.
   
• La plupart des virus se composent de trois éléments clés : l'ARN, les protéines et les lipides. L'ARN est le matériel génétique viral - il est très similaire à l'ADN. Les protéines ont plusieurs rôles, notamment celui de pénétrer dans la cellule cible, d'aider à la réplication du virus et, en gros, d'être un élément clé (comme une brique dans une maison) dans toute la structure du virus. Les lipides forment alors une enveloppe autour du virus, à la fois pour le protéger et pour faciliter sa propagation et son invasion cellulaire.
  
  L'ARN, les protéines et les lipides s'auto-assemblent pour former le virus. Il n'existe pas de liens "covalents" solides entre ces unités. Or, l'auto-assemblage viral est basé sur de faibles interactions "non covalentes" entre les protéines, l'ARN et les lipides. Ensemble, ces éléments agissent comme un velcro et il est donc très difficile de briser la particule virale auto-assemblée. Pourtant, on peut le faire (par exemple avec du savon !).
  
  La plupart des virus, y compris le coronavirus, mesurent entre 50 et 200 nanomètres - ce sont donc de véritables nanoparticules. Les nanoparticules ont des interactions complexes avec les surfaces sur lesquelles elles se trouvent. Il en va de même pour les virus. La peau, l'acier, le bois, le tissu, la peinture et la porcelaine sont des surfaces très différentes.
  
  Lorsqu'un virus envahit une cellule, l'ARN "détourne" la machinerie cellulaire (comme un virus informatique !) et force la cellule à commencer à faire de nombreuses copies fraîches de son propre ARN et des diverses protéines qui composent le virus. Ces nouvelles molécules d'ARN et de protéines s'assemblent avec les lipides (généralement présents dans la cellule) pour former de nouvelles copies du virus.
  
  Autrement dit, le virus ne se photocopie pas, il fait des copies des éléments constitutifs qui s'assemblent ensuite pour former de nouveaux virus ! Tous ces nouveaux virus finissent par submerger la cellule et celle-ci meurt ou explose en libérant des virus qui continuent ensuite à infecter d'autres cellules. Dans les poumons, certains de ces virus se retrouvent dans les voies respiratoires et les muqueuses qui les entourent.
   
• Lorsque vous toussez, ou surtout lorsque vous éternuez, de minuscules gouttelettes provenant des voies respiratoires peuvent voler jusqu'à 10 mètres ! Les plus grosses sont considérées comme les principaux porteurs de coronavirus et peuvent atteindre au moins 2 m.
  
  Ainsi, il est logique et licite d’utiliser un masque « chirurgical » chez les personnes qui toussent et éternuent ! Ces minuscules gouttelettes se déposent sur des surfaces et s'assèchent souvent rapidement. Mais les virus sont toujours actifs ! Ce qui se passe ensuite est une question de chimie supramoléculaire et de la manière dont les nanoparticules auto-assemblées (comme les virus) interagissent avec leur environnement !
   
• Il est maintenant temps d'introduire un puissant concept de chimie supramoléculaire qui dit effectivement : les molécules similaires semblent interagir plus fortement les unes avec les autres que les molécules dissemblables. Le bois, les tissus et la peau interagissent assez fortement avec les virus comparés avec l'acier, la porcelaine et au moins certains plastiques, par exemple le téflon. La structure de la surface a également son importance : plus la surface est plane, moins le virus "colle" à la surface. Les surfaces plus rugueuses peuvent en fait séparer le virus.
   
• Alors pourquoi les surfaces sont-elles différentes ? Le virus est maintenu par une combinaison de liaisons hydrogène (comme celles de l'eau) et de ce que nous appelons des interactions hydrophiles ou lipophiles (de type graisseux). La surface des fibres ou du bois, par exemple, peut former de nombreuses liaisons hydrogène avec le virus. En revanche, l'acier, la porcelaine ou le téflon ne forment pas beaucoup de liaisons hydrogène avec le virus. Le virus n'est donc pas fortement lié à ces surfaces. Le virus est assez stable sur ces surfaces alors qu'il ne reste pas actif aussi longtemps sur le tissu ou le bois, par exemple.
   
• Pendant combien de temps le virus reste-t-il actif ? Cela dépend. On pense que le coronavirus SARS-CoV-2 reste actif sur les surfaces favorables pendant plusieurs heures, voire une journée. L'humidité (le virus "se dissout"), la lumière du soleil (UV) et la chaleur (mouvements moléculaires) rendent le virus moins stable.
   
• La peau est une surface idéale pour un virus ! Elle est "organique" et les protéines et les acides gras des cellules mortes à la surface interagissent avec le virus par le biais de liaisons hydrogène et d'interactions hydrophiles de type "graisse". Ainsi, lorsque vous touchez, disons, une surface en acier sur laquelle se trouve une particule de virus, celle-ci se colle à votre peau et se transfère donc sur vos mains. Mais vous n'êtes pas (encore) infecté. Mais si vous touchez votre visage, le virus peut se transmettre de vos mains à votre visage.
  
  Ainsi, le virus se retrouve dangereusement proche des voies respiratoires et des membranes muqueuses dans et autour de votre bouche et de vos yeux. Le virus peut donc s'y infiltrer... et voilà ! Vous êtes infecté (c'est-à-dire, à moins que votre système immunitaire ne tue le virus).
   
• Par ailleurs, bien évidemment, si le virus est sur vos mains, vous pouvez le transmettre en serrant la main d'une autre personne. Les baisers, eh bien, c'est assez évident... Il va sans dire que si quelqu'un vous éternue au visage, vous êtes un peu « bourré » de particules virales.
  
  À quelle fréquence vous touchez-vous le visage d’après vous ? Il s'avère que la plupart des gens se touchent le visage une fois toutes les 2 à 5 minutes ! Vous êtes donc à haut risque d’être un vecteur de transmission à vous-même et aux autres une fois que le virus se trouve sur vos mains, à moins que vous ne puissiez vous débarrasser des particules virales actives.
  
  Commençons par se les laver à l'eau claire. Ça pourrait marcher mais l'eau est "seulement" en concurrence avec les fortes interactions "collantes" entre la peau et le virus par le biais de liaisons hydrogène. Le virus est assez adhérent et ne peut pas bouger. Donc l'eau seule ne suffit pas !
  
  L'ajout d’une solution savonneuse rend la « potion » totalement différente. Le savon contient des substances ressemblant à de la graisse, connues sous le nom d'amphiphiles, dont certaines ont une structure très similaire aux lipides de la membrane du virus. Les molécules de savon "rivalisent" donc avec les lipides de la membrane virale.
   

• Les molécules de savon sont également en concurrence avec de nombreuses autres liaisons non covalentes qui aident les protéines, l'ARN et les lipides à se lier les uns aux autres. Le savon "dissout" efficacement cette « colle » qui maintient le virus assemblé. Le savon est également en concurrence avec les interactions entre le virus et la surface de la peau déjà « déstabilisées » par l’eau.
  
  Bientôt, les virus se détachent et tombent comme un château de cartes grâce à l'action combinée du savon et de l'eau. Le virus a disparu ! En outre, la peau étant assez rugueuse et ridée, il faut la frotter vaillamment et la tremper assez souvent pour s'assurer que le savon atteigne bien la surface de la peau qui pourrait cacher des particules virales actives.
   
• Passons aux produits à base d'alcool, ce qui inclut à peu près tous les produits "désinfectants" et "antibactériens", contienant une solution à forte teneur en alcool, généralement de l'éthanol à 60-80%, parfois avec un peu d'isopropanol également, puis de l'eau + un peu de savon.
  
  L'éthanol et les autres alcools ne forment pas seulement des liaisons hydrogène avec le matériel viral mais, en tant que solvant, ils sont plus lipophiles que l'eau. Par conséquent, l'alcool dissout également la membrane lipidique et perturbe d'autres interactions supramoléculaires dans le virus. Cependant, il faut une concentration assez élevée (sans doute >60 %) d'alcool pour obtenir une dissolution rapide du virus. Désolé, la bière et même la vodka ou le whisky (généralement 40 % d'éthanol), ne dissolvent pas le virus aussi rapidement ou efficacement. Dans l'ensemble, l'alcool n'est pas aussi bon que le savon pour cette mission. Presque tous les produits antibactériens contiennent de l'alcool et un peu de savon, ce qui contribue à tuer les virus mais certains contiennent également des agents anti-bactériens "actifs", comme le triclosan (qui ne font rien contre le virus !)
   
• En résumé, les virus sont presque comme des petites nanoparticules de graisse. Ils peuvent rester actifs pendant de nombreuses heures sur des surfaces, puis être captés par le toucher. Ils atteignent ensuite notre visage et nous infectent, car la plupart d'entre nous touchent le visage assez fréquemment. L'eau n'est pas très efficace à elle seule pour laver le virus de nos mains. Les produits à base d'alcool sont plus efficaces. Mais rien ne vaut le savon : le virus se détache de la peau et se désagrège très facilement dans l'eau savonneuse.
   
• Ainsi, la chimie supramoléculaire et les nanosciences nous en disent long non seulement sur la façon dont le virus s'est auto-assemblé en une menace fonctionnelle active, mais aussi sur la façon dont nous pouvons combattre les virus avec quelque chose d'aussi simple que du savon.

^{(inspiré largement par le thread de @PalliThordarson, chimiste Islandais).}

Références

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Articles FOAMed :

• EMRAP: 2020 February Breaking News – 2019 Novel Coronavirus (2019-nCoV)
• St. Emlyn’s: 2019 Novel Coronavirus (Wuhan)
• Journal Feed: COVID-19 – Coronavirus Deep Dive
• EMCrit: Airway Management of COVID-19
• EPMonthly: Debunking Coronavirus Myths vs. Truths
• PulmCrit: COVID-19
• Propofology: #COVID19 Resource Page
• CanadiEM: Recommendations for COVID-19 Intubation